A Soul Eater sztorija az ismert ellenünk a túlvilág sémát veszi alapul: az emberek lelkét gonosz boszorkák és mindenféle bizarr szörnyek vadásszák, dolgukat pedig a Shibusen középiskola tanulói nehezítik. A tanulókat az élet szentségének védelmére képezi ki a bölcs és hatalmas Halálisten mester, aki konkrétan maga a Halál. Némi csavart jelent, hogy a diákok nem egyszeü fiatal kis harcosok, hanem párokban dolgoznak. A páros egyik tagja mindig egy Fegyver - olyan ember, aki harci eszközzé (karddá, kaszává, lőfegyverré) tud változni, és ebben a formában támogatja a gonosz elleni erőfeszítéseket. A csapat másodig tagja az adott fegyver Mestere. A mesterek feladata, hogy összeszedjenek 99 démonlelket és boszorkány lelkét, és a lelkek segítségével a fegyverüket Halálkaszává változtassák (Halálisten mester fegyverévé).